中國鐵路南昌局集團(tuán)有限公司所轄下屬單位71個，其中運(yùn)輸站段45個、運(yùn)輸輔助單位2個、其他單位7個、一級非運(yùn)輸企業(yè)11個、集團(tuán)公司管理的鐵路建設(shè)項(xiàng)目管理機(jī)構(gòu)2個、1個獨(dú)立的合資鐵路公司（廈門國際物流港）、鐵路建設(shè)指揮部3個。管轄車站457個，其中特等站2個、一等站17個。中國鐵路南昌局集團(tuán)有限公司機(jī)關(guān)經(jīng)營管理機(jī)構(gòu)57個，其中職能機(jī)構(gòu)26個，生產(chǎn)機(jī)構(gòu)1個，附屬機(jī)構(gòu)29個，派出機(jī)構(gòu)1個。
中國鐵路南昌局集團(tuán)有限公司管內(nèi)有國鐵集團(tuán)管理的鐵路建設(shè)項(xiàng)目管理機(jī)構(gòu)2個（管理昌九、滬昆、東南、京福閩贛、向莆、衡茶吉6個合資公司）。
1.運(yùn)輸站段45個
直屬站5個：南昌車站、福州車站、廈門車站、鷹潭車站、向塘西車站。
車務(wù)段10個：南昌車務(wù)段、九江車務(wù)段、上饒車務(wù)段、宜春車務(wù)段、贛州車務(wù)段、福州車務(wù)段、南平車務(wù)段、永安車務(wù)段、龍巖車務(wù)段、漳州車務(wù)段。
客運(yùn)段2個：南昌客運(yùn)段、福州客運(yùn)段。
機(jī)務(wù)段4個：南昌機(jī)務(wù)段、向塘機(jī)務(wù)段、鷹潭機(jī)務(wù)段、福州機(jī)務(wù)段。
供電段4個：南昌供電段、鷹潭供電段、福州供電段、廈門供電段。
工務(wù)（橋工、機(jī)械）段12個：南昌工務(wù)段、南昌高鐵基礎(chǔ)設(shè)施段、九江橋工段、鷹潭工務(wù)段、贛州工務(wù)段、萍鄉(xiāng)工務(wù)段、福州工務(wù)段、廈門工務(wù)段、永安工務(wù)段、龍巖工務(wù)段、南平工務(wù)段、鷹潭工務(wù)機(jī)械段。
電務(wù)段2個：南昌電務(wù)段、福州電務(wù)段。
通信段1個：南昌通信段。
車輛段5個：南昌車輛段、南昌南車輛段、福州車輛段、福州東車輛段、福州動車段。
2.運(yùn)輸輔助單位2個
房建生活段2個：南昌房建生活段、福州房建生活段。
3.一級非運(yùn)輸企業(yè)11個
江西京九物流有限公司、福建匯豐物流有限公司、南昌鐵路科技信息有限公司、福建鐵路實(shí)業(yè)發(fā)展有限公司、南昌鐵路旅游酒店資產(chǎn)管理有限公司、南昌鐵路通達(dá)工貿(mào)有限公司、南昌鐵路天河建設(shè)有限公司、南昌鐵路天集房地產(chǎn)開發(fā)有限公司、南昌華路建設(shè)咨詢監(jiān)理有限公司、南昌鐵路文化廣告?zhèn)髅接邢薰?、江西地方鐵路開發(fā)有限公司。
4.其他單位7個
科學(xué)技術(shù)研究所、南昌疾病預(yù)防控制所、福州疾病預(yù)防控制所、黨校（干校）、福州職工培訓(xùn)所、新余職工培訓(xùn)所、融媒體中心。
5.中國鐵路南昌局集團(tuán)有限公司管理的鐵路建設(shè)項(xiàng)目管理機(jī)構(gòu)、合資鐵路公司和建設(shè)指揮部6個
福建鐵路建設(shè)指揮部、贛龍復(fù)線鐵路項(xiàng)目管理機(jī)構(gòu)、廈門國際物流港有限責(zé)任公司、南昌鐵路建設(shè)指揮部、福州樞紐改造工程建設(shè)指揮部、廈門樞紐改造工程建設(shè)指揮部。