中國(guó)鐵路南昌局集團(tuán)有限公司所轄下屬單位70個(gè)，其中運(yùn)輸站段47個(gè)、其他單位7個(gè)、一級(jí)非運(yùn)輸企業(yè)11個(gè)、集團(tuán)公司管理的鐵路建設(shè)項(xiàng)目管理機(jī)構(gòu)和鐵路建設(shè)指揮部4個(gè)、1個(gè)獨(dú)立的合資鐵路公司（廈門(mén)國(guó)際物流港）。管轄車(chē)站457個(gè)，其中特等站2個(gè)、一等站17個(gè)。中國(guó)鐵路南昌局集團(tuán)有限公司機(jī)關(guān)經(jīng)營(yíng)管理機(jī)構(gòu)56個(gè)，其中職能機(jī)構(gòu)25個(gè)，生產(chǎn)機(jī)構(gòu)2個(gè)，附屬機(jī)構(gòu)28個(gè)，派出機(jī)構(gòu)1個(gè)。
中國(guó)鐵路南昌局集團(tuán)有限公司管內(nèi)有國(guó)鐵集團(tuán)重點(diǎn)監(jiān)管的合資公司2個(gè)，分別為昌九城際鐵路公司（管理昌九、滬昆、衡茶吉3個(gè)合資公司）和東南沿海鐵路福建公司（管理東南、京福閩贛、向莆3個(gè)合資公司）。
1.運(yùn)輸站段47個(gè)
直屬站5個(gè)：南昌車(chē)站、福州車(chē)站、廈門(mén)車(chē)站、鷹潭車(chē)站、向塘西車(chē)站。
車(chē)務(wù)段10個(gè)：南昌車(chē)務(wù)段、九江車(chē)務(wù)段、上饒車(chē)務(wù)段、宜春車(chē)務(wù)段、贛州車(chē)務(wù)段、福州車(chē)務(wù)段、南平車(chē)務(wù)段、永安車(chē)務(wù)段、龍巖車(chē)務(wù)段、漳州車(chē)務(wù)段。
客運(yùn)段2個(gè)：南昌客運(yùn)段、福州客運(yùn)段。
機(jī)務(wù)段4個(gè)：南昌機(jī)務(wù)段、向塘機(jī)務(wù)段、鷹潭機(jī)務(wù)段、福州機(jī)務(wù)段。
供電段4個(gè)：南昌供電段、鷹潭供電段、福州供電段、廈門(mén)供電段。
工務(wù)（橋工、機(jī)械）段12個(gè)：南昌工務(wù)段、南昌高鐵基礎(chǔ)設(shè)施段、九江橋工段、鷹潭工務(wù)段、贛州工務(wù)段、萍鄉(xiāng)工務(wù)段、福州工務(wù)段、廈門(mén)工務(wù)段、永安工務(wù)段、龍巖工務(wù)段、南平工務(wù)段、鷹潭工務(wù)機(jī)械段。
電務(wù)段2個(gè)：南昌電務(wù)段、福州電務(wù)段。
通信段1個(gè)：南昌通信段。
車(chē)輛段5個(gè)：南昌車(chē)輛段、南昌南車(chē)輛段、福州車(chē)輛段、福州東車(chē)輛段、福州動(dòng)車(chē)段。
房建生活段2個(gè)：南昌房建生活段、福州房建生活段。
2.其他單位7個(gè)
科學(xué)技術(shù)研究所、南昌疾病預(yù)防控制所、福州疾病預(yù)防控制所、黨校（干校）、福州職工培訓(xùn)所、新余職工培訓(xùn)所、融媒體中心。
3.一級(jí)非運(yùn)輸企業(yè)11個(gè)
江西京九物流有限公司、福建匯豐物流有限公司、南昌鐵路科技信息有限公司、福建鐵路實(shí)業(yè)發(fā)展有限公司、南昌鐵路旅游酒店管理有限公司、南昌鐵路通達(dá)工貿(mào)有限公司、南昌鐵路天河建設(shè)有限公司、南昌鐵路天集房地產(chǎn)開(kāi)發(fā)有限公司、南昌華路建設(shè)咨詢監(jiān)理有限公司、南昌鐵路文化廣告?zhèn)髅接邢薰?、江西地方鐵路開(kāi)發(fā)有限公司。
4.集團(tuán)公司管理的鐵路建設(shè)項(xiàng)目管理機(jī)構(gòu)和鐵路建設(shè)指揮部、合資鐵路公司5個(gè)
福建鐵路項(xiàng)目管理機(jī)構(gòu)（福建鐵路建設(shè)指揮部）、贛龍復(fù)線鐵路項(xiàng)目管理機(jī)構(gòu)、廈門(mén)國(guó)際物流港有限責(zé)任公司、南昌鐵路建設(shè)指揮部、廈門(mén)樞紐改造工程建設(shè)指揮部。